mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATGTTGTGTTTTTGTTCCTA TTACAAAAAAGCAATGTCCA TTGGTATCTTTCATGTTGTGTTTTTGTTCCTACTCGTGTATTACAAAAAAGCAATGTCCAAATATAAT GGGGTATCAGGAATGTCACTACCTAATCCTAGAAATTACCCATGTTAATATGTGCATATGTGTGTTTGATTTAGGAAGCTTTATAGTGTCAGGTGTATTATTTAAAAATAATTTAACTTTCTATAGGAAAACGAAATCTAACATATTTCTATTTATAGCACCTTTTTTAAGGAAAATAACTAACTGCAAGTAAATGGGCTCTGTTTCTTGGAGTTTGACACTTTTGGTATCTTTCATGTTGTGTTTTTGTTCCTACTCGTGTATTACAAAAAAGCAATGTCCAAATATAATCAATCCTATAAGAAAGACACTTTCATGTCTTTGCCTCTACCCTAATGAGTAATGAAGTATGTTATTAATATGATCATCAACATGGTTTTCTTTGCAATACACAGATGTAACCCTTCTCAACTTTGACAGGTTGTTCCAACAGAGGGGTTGGTGTCTATATTAAAGAAGAGAAGTAATAGTGAAGGAAATCAGCTTGCCCAAATGCAGCAAAAATCATCAAAGAGACGAGTGAGGTTCCAAGAAATAGAAGACTCCTTGGATCAGGGTAAGTTGCAGATATGGATTAGTAACAGGATTTTTAAAAGGAGATGTGAATCTAGCAACTAATTTTATCCCTACATGTTCTTATCAACCAGGAAGAGGTTGTAAATAGCTATGATTTCATCAGTCCTGGTACTGATGTACTCGTGCCTTTATAGATGATTTCTCAAGTTATTCTGAAAAAAANNAGATCATTCCATGGCAGCCAGCNNT 4 1 5' arm Trichosurus_vulpecula mirnest 100 100 -11.7 ((((........(((((((.(((((((...(((....)))..))))))).)))))))))))....... (-11.7)