mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAGACTTTCTAGCATTGCCC GTAATGCTATAACGTCTTACA TAAACAGCGCTACTCCCTCCGTTTCATAATATAAGACTTTCTAGCATTGCCCATATGTATATATATGTCTAGATTCATTAACATCTATATGAATATATGAATGTGGGTAATGCTATAACGTCTTACATTATAAAACGGAGGAAGTAACTATTAAA TTTTTTTGGGGGATAAAGATAAACAGCGCTACTCCCTCCGTTTCATAATATAAGACTTTCTAGCATTGCCCATATGTATATATATGTCTAGATTCATTAACATCTATATGAATATATGAATGTGGGTAATGCTATAACGTCTTACATTATAAAACGGAGGAAGTAACTATTAAAACCGATGGTGATATATTTACAGACACCTCTCAAAAGAATCATATATTGTACTACAAGAAACCAATAGCTTAAGTGA 2 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 7e-25 osa-MIR819a 6e-16 -59.3 ..........((((.(((((((((.(((((.((((((.((.(((((((((((((((.(((((((.(((.(((((........))))).))).))))))).))))))))))))))).)).)))))).))))).))))))))).))))......... (-59.3)