mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCC AATGTTGTCTGGACCGGGG TCATTCTGAGGGGAATGTTGTCTGGACCGGGGACACTTGTGTTTCTAATCCGTTTTCCCTGCAATATTGTTCTGATTAACGTGGGGATCTTTATATTGCTTATTTTTGTAATGGATTAAGGTTGTACTAGTGTCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATCAT ATTATTTCATTGTCACCCAAAAAGGCCAAAACCCCACCACTCTCCCCATCTCTCTCCCCCCTCCCTTGAACAGAGGCTAAACTCTTGGGGGGGATAAAGAGATAAGAGAGAATCCAAGCAACGCACATACACAAAACCCTTAGCTGCCACCAAAGCCTCTTTTGAAGATATAGTTTTTAGGGGAGCATTCATTCTGAGGGGAATGTTGTCTGGACCGGGGACACTTGTGTTTCTAATCCGTTTTCCCTGCAATATTGTTCTGATTAACGTGGGGATCTTTATATTGCTTATTTTTGTAATGGATTAAGGTTGTACTAGTGTCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATCATTGCTCCCATATGTAACTCCCATGGACTGCAGCATGTAAAAAAGGTTTGGGTTGTTTTTTTGGATCATTGGGGTGTTTTATTTACTGAAATTAAGGTTGTTTGTTACTTTGCAGTGCAATGATGAAAGGGTTTTTGACCAATTTGTTAAAGTTTCATCATTCTGTCAGTACTAAGTTGTAAAACCCTCTTTTTCTAGTTCATCATTACT 3 0 3' arm Gossypium_hirsutum mirnest mir-166 0.00000000004 ghr-MIR166b 5e-84 -56.1 ......((.((((((((..((((((.((((.((((((.(((.((.(((((((((......(((((((......((((........))))...)))))))..........))))))))).))...))).)))))).)))).))))))..)))))))).))..... (-56.1)