mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGGAAACATTTCTGCACAAAC GTGTGCGGAAGTGCTTCTGCT AAGAACACTCTATGAATCTAGCGGAAACATTTCTGCACAAACTATACTACTGAAACCAGTGTGCGGAAGTGCTTCTGCTACATTTTTAGGGTCTCCC GGGATGCAGTTCTCAGCTGTAGCAACCGTCGCTCAAATACCTGGTCGTCCGTCCTAGCTGGTTGGCAAAGACCGTCACCCCAAAAGTCGCAATCATGAACGTCTTCCAACTCGTAATGAAAAAGAAAGAACTTATTCCTTTGATCGCGTTTGTGGGTGTTGCTGGATTTGGAGCAGCCTACATGTCCATATATTCCCTTCTCAAAGCTGATGTGATTGTTAACAGACACACAAATCCGGAACCATGGGAAAATGTGAATCCTTCCAAGCCTCAAAAGCTTGTCACAATTAACCAAAAGTGGGAGCCTATTGAAGAACTGCAGACTGTCAAACAGTTGACCAAATGAAGAGTCTTCATCTAAAGAACACTCTATGAATCTAGCGGAAACATTTCTGCACAAACTATACTACTGAAACCAGTGTGCGGAAGTGCTTCTGCTACATTTTTAGGGTCTCCCTACATTTTGGTCTCTGAATTCCTCTGAATTCCTTTTTGTATAAAATGTATGTAGCTCATTAAAATATTCATGAGGATTGTTCGCATTTATTTGTACTTATGTATTCTTTGGGGGGCAAATGTATAACGACTTGTAAGATAAATTGTCTACTACAACAAATGTTTTTTCCCCAAAGGTTGGGTAAATATTTATTTCATCATTGAATTGATGAGTCATGTATCTAATCAAAAAAAAATATATATATACAGAAATTGCTTTATAATTTTAATTTTTATATTTGAAATACATTTCCATTTAAGAACCCCATAATAACTNNTCACACACATCTTTCCAGTTGAAATGTAAAAATTATTACATTTAGCCTAATAGAGCTGTTACTTAACTTGATATTTTGGGGATCTTGATTTCATTGGNTTATAAAGACNTACTTCAGAGA 4 0 5' arm Trichosurus_vulpecula mirnest mir-147 3e-23 mdo-mir-147b 1e-31 -35.9 ......((((((.((((.((((((((.((((((((((((....................)))))))))))).)))))))).)))).))))))..... (-35.9)