mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCGTTTGTTTTGTGTTTTTT AAAACAAAAAAACAAAAAAAAA TCCCTCATTTCTTCGTTTGTTTTGTGTTTTTTTTTTTTCTCCCTCATGCTTGTCGTTGTCTGCACTTGGCTTTGATTGCAAAAAAAACAAAAAAAAACAAAAAAACAAAAAAAAA GTTTTGTAAATGGGAAGAGGTGTGATGCCTATACTTAGGTAATGAGTAGCAGTTCTTCTCTCCCTGGTATATTTATCCTTCTTCCTCCTTTTGATTATTTACATCACATAGCGTTAATTGCTGAAATGAAAGGATATGGGTCTGTGTAATTGAAACTTTTGCTTTTATTTGCAGTAATCATTTGCTACTTGTGATCCCATTTGAGATATTTAATGCTAATCTGTGCTTTGCCTTGGCTTTCTGCTTTGTGTTGTTCTGTCTTGCTTTTATGTTTTTTTGTTGTCTTGCAATCCCTCATTTCTTCGTTTGTTTTGTGTTTTTTTTTTTTCTCCCTCATGCTTGTCGTTGTCTGCACTTGGCTTTGATTGCAAAAAAAACAAAAAAAAACAAAAAAACAAAAAAAAAAAACAAAACCCAAACTGTGGGGCCCATATATCTGCATCATTGAATGTCCTTGTCGCCGTTGATGACCTGCTCTCTGCTCCCGTCCCCCTCCTTGGCCTGCTGTGATTGGTGGCTTCGTTGCTTGGCTTGGGCTGTGTTGTGTGAACGGAACAGTTCACCCCAGTATGGCCTTCTTG 5 1 5' arm Papio_anubis mirnest 100 100 -22.8 ...............((((((((.(((((((((((.((........(((..((((..(((.......)))..)))).))).....)).)))))))))))..))))))))...... (-22.8)