mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTATTTTTAAAGATTTTCAA GAAAATTTTAAAATACTGA TTATACTGTGTTGAAAATTTTAAAATACTGACAGTATTTTTAAAGATTTTCAATAGAAAACT ACTGAAATTCTTATTTATTCACTTTAATTCTGCATTTACACAAAAATGCTGTAATAAAATATCTGTACACTACTTCTGTTACAAATATAGATAATATTTAAAGTGACTTTATATATTCTAATGTAGGAGTTTCACGCTCTAAAATGGGAATGAACACATGATAATTCCTCACCAGTTGTCTCAATAAACAGCTCCATCTGTTTCCCTTAGTCTTAAACTATTGTATTATAAGATGTTAATATAAGGCAATGAAATGAAGTTATGTTAATCGCCTTAATTTTTCTATCAATTTACTAATGGCAAACAACCAAAATAATTACTAACACATTGTTTTCTATCATTAAGATTAATATGAATTGAAAACCAATTGCACAGCACACTAACACATTTTTAATGTTGCATCAGTTGTTAAAACCAGCACTAAAGATTCTGGGACCCTTCTATGTTCCTCTATGATTAGCAGCATAGTTGCTTTCTAGAAAAACCATAGTCAACATGGGGTGGCATTATCATTTACTTATAGCAACATGAAAATATTTTATAAAAGGTCAAAAATAAAAATGAAAATTGAGATGTGCATTAAATATAATTTCTTTATAAAATTTAGGGACATTGCTTCATATATTTGCTATTTACTCAATTATAGAAACCAATTTTAGCATGAAAAATACATATGCATGTAAGAGGTGGGGAGATGCAATGTTTTTATTATACTGTGTTGAAAATTTTAAAATACTGACAGTATTTTTAAAGATTTTCAATAGAAAACTTTTTTTTCCTTTTTTTAGTTTGGGGTGGGGAGAGGAGGTAGATTGCCAAATTGAGGCATTTTTTTAAAACTCCCCAAGACTTTCTTCTTTATTTATATTTCATTCTTCATCCTATTTACTGAATCATTTTTTTTGGTAGCTTTAGAAT 0 2 3' arm Papio_anubis mirnest 100 100 -15.2 ........(((((((((((((((((((((...))))))))..)))))))))))))....... (-15.2)