mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGCATTGTTGTTGATTTGAT TGAACCAACAATATAGCAACA AATTTCCTGTAGTGCATTGTTGTTGATTTGATGAATGCCTACTATCAAAATTTGTTTAAAACAGTACAAATGAGAGGGCAAAAAATAGGAAAAAGTATTGAACCAACAATATAGCAACAATAAAATG GCCAATTTAAAGGATTTTTTAATACACATGAGTGGCATCTCTGAAGAAAAGAATGATGGCATTGTTTATCCATTGCATGGTTCTCAATCTTGAAGAATAAATGCGGATTTGTGACATCGGTTAATATATGTAAAAACTGCAGTTCATGCCCGTTTTATATGTGCTTCTATCGTTGATCATCATGTGTTGTCCATCAAAGCGCAAGGTTTGCTCGTCACTCAAACGGACAACACTTGACGATGAAGGGTAATCTAAACGTAAAAGGACAAGTATGACTTATTTTTTAAGAGATTATAACCAATGTCCGAAATACAATCTGCATTCTTCAAGTCCGAGAACCACATAATCGATTTAAACAATACTTTACAATTTTTTCTTGTATGTTGGGCGATCCATCCATTTGTGACAAGGCATTTATAGGTATTAGTTAAACTTCTGAACCATACCTCAAAAATCCTGGACATTCATATCTTTTCAAATATTATTTACTGGAAATATCCAACAGGGCAACTACAGCTAAAAATTAAATTGCCTTCAAAATTTTTCAGTCAAATGTAGAGGTTATCAAAATTCCTTTTGATTTCTTTTTGTCTTGAAAGGAATTTGGAATTTCCTGTAGTGCATTGTTGTTGATTTGATGAATGCCTACTATCAAAATTTGTTTAAAACAGTACAAATGAGAGGGCAAAAAATAGGAAAAAGTATTGAACCAACAATATAGCAACAATAAAATGTCTTGCTACATTAAGCTGCCAACTGGGATTGAAATGTAATTCAATTAGTTAACTTCTGAATTTGTTGGTTTATATATCTTTTTTTTCTCAATATCTTCATTGCTTAGCCAATTTAAGCCAATTTAATTTGTGAT 4 0 5' arm Paracentrotus_lividus mirnest 100 100 -22.9 .......(((..(((..((((((((.(((((((..(((((.((........(((((...)))))........)).)))))...............))))))).))))))))..))))))........ (-22.9)