mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGCTGAGCTGCCCCTCCTCG ATTTGGGCAGCTGCAGCTGGG AGGCTGTGTCCGAGCTGAGCTGCCCCTCCTCGTCCTCGACAGTCTACATCGGGCTCCCGGCCCCAGGCACTGCCGCGCCCGCCCGACCCGGGTAGATCTACGACATTGCCGATGATCGATTTGGGCAGCTGCAGCTGGGATTGGGAT GGAAAATCGCGAAAATCAAAATATCAGTCATGCAGCTAGAGCTAGCTAGAGACGAAGAGCACGCGATTAGATTCGAGGTTCGAGACTCAAGTCTTGTCACGTCTTTCATAACGTTTTTTTGGATATGATATTAGAAGTTGGTACAAGACGATCACATCTCCGTATCTGTCATCTATACGTGTCGAGTATGTTGCCCCAGCAGAATTAATTGTGCAGGGAGGCTGTGTCCGAGCTGAGCTGCCCCTCCTCGTCCTCGACAGTCTACATCGGGCTCCCGGCCCCAGGCACTGCCGCGCCCGCCCGACCCGGGTAGATCTACGACATTGCCGATGATCGATTTGGGCAGCTGCAGCTGGGATTGGGATTAACTTAATGAAGACGCTTTTCGTGTGCCATCGACGTTCTTGCCGTATACTATTATGGAAAATGCACCTGCAGTAAAGAAGAGAAAATTGCTTTTGAGAGATGGTAATGCCTTTGCCACTGGTTCTGAACAAGTTACCCTTAGTCAAGATGAAATGAGGATTGTACCAGTTCTCCCTGATCATGTCTCAGCTCCAGTTGCCTTAGTTTCTGTGTATGCAGCACCCATTCTTGACAAGAAGAAAACAAGTGTTCTTCTCAGACAGCTCTCAGATCTGCATCCCTTAGAAGGACTATCTCACATCAAACGTGTACGGAAGCAGATTGTGAAGGATGGAAATACTGTTAAAGACGAATTGCAGATCATTCTTTGTAATACAAGTAAGGTAACCCTACCCTATGCTGGTGAGATTTCAGTCTCGCAGATTCTAAATGATGACATCAGTAGAGAATTCCTTGGAGAACCATTTCTTGCAACCATTCCCAGAGTAGCACCCCAGACCAGCATGCAGCTGCATGCAGCT 4 2 5' arm Paracentrotus_lividus mirnest 100 ssc-mir-4339 0.0001 -53.4 ...((..((((.(((((((((((((....(((((.(((.((((((((.((((((....(((....(((...)))..))).)))))).....)))))).........)).))).)).)))...)))))))).))))).))))..)).. (-53.4)