mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGATGATTTATATTTACAGT TTAAATATGTTCATAAATG TAAACATGCTCTTTGTTCATAAAGATGATTTATATTTACAGTACTCTGTATTTAAATATGTTCATAAATGTCTTGTAAAGAGAAAGTT TGGGAAGAATGATGTTTGTCATTGGGAAATATTTTTCCATTCAATTCAGTTCCCACCAAAAATCAACTTGCCAATATAGGATAAGTACAAACTTTCAAGGAAACCAGTTTGAAAGTGAAACAAGTTGAAGTAGTTGAATAGATAGAACAAATAGTGCTGCATTAGATTGTGTGGTAAAGAGAATTGAGTAGTATGTACATGGGATAAACATTTGAAAAAAATTTGAAGTATATTTTAGGTACATCTGTGTTTTGGAAAACTTCTTTAGTGACATAATGGTTTACATGATCTCAAGAACCTCGCCAAGATCAAATAGAAATTTTAGACAAAATTCTAAATGTACTTGTAGAAGGAATTTAAGTGTAGTCCGTTACATGTATCGTTGTAAATGTAAAGATATTTTATAACCAAAGACAAAGAGCTCTTTAAGTTAATGTAGAGTAGAGACTGCTTTGTTCTAAAAGTAATTAGTTTACTCAGCATGTGAAAGAATGCAGAGAATTTGATGAAATTGCTAAACATGCTCTTTGTTCATAAAGATGATTTATATTTACAGTACTCTGTATTTAAATATGTTCATAAATGTCTTGTAAAGAGAAAGTTAAAATGAGCAGAATACAAATGTGTTTAGGCTGCTCATTGACGATGTTCCGTTG 4 2 5' arm Paracentrotus_lividus mirnest 100 100 -14.8 ..(((...((((((((.(((....((((..((((((((.(((((...))))))))))))).))))..)))....))))))))...))) (-14.8)