mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTTTTGTTTTTTGTTTTT AAATAAAAAACAAAATAAATC TATTCTACTTGAAAATAAAAAACAAAATAAATCAAAGATTTTCTGCCCAAAAATTTTTTTAGAATGATTGGAGAGAAAAGACTGATATGTTGAATGTTTGTCTGTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTTTAAATCTCT CTTAACATTGTGATTTCGCATTTCCAAATATTTAATTTTGATCCAATGTATTCTACTTGAAAATAAAAAACAAAATAAATCAAAGATTTTCTGCCCAAAAATTTTTTTAGAATGATTGGAGAGAAAAGACTGATATGTTGAATGTTTGTCTGTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTTTAAATCTCTATGAACCGGCCTTGAAATTAAAGAATTACGTTGGTTGGGAACAGCATGTACAA 0 0 3' arm Ictalurus_furcatus mirnest 100 100 -32.1 ..........(((((((((((((((((((((..(((((((((.......)))))))))..((((.((.(((((((((.((((.(((((.....))))).)))).))))))))).)).)))))))))))))))))))))))))......... (-32.1)