mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGATGATTTTTATTTACAGT TGTGTAATAATCCATCATCTTCA CTCTGAGGTTTTAGATGATTTTTATTTACAGTATTTATCCATAGTAGTGCGCGAGTCGCTGATATTTAAATTCATTTTGTATTTCTTTGCCAACCCTGAATCTGTGTAATAATCCATCATCTTCAGCCAAAAA GGGCCTACTCGTTTCCACTAATTGCAGAATAAATACTGACACGAACTGTCCTCTGCATGAAGTGGCAGGGTTTTGAGTTTTTTTGAAGCCTTTATGGCTTTCAAATACCTTTTTGAAATTACAGTTGTTACTTAAAATATTTATTATTTCAAAGCCTATGAATCGTGAAATAATGTTGTCATATTGCCACAGTCAAAACTAAGGAAAATCACAAACTCTGAGGTTTTAGATGATTTTTATTTACAGTATTTATCCATAGTAGTGCGCGAGTCGCTGATATTTAAATTCATTTTGTATTTCTTTGCCAACCCTGAATCTGTGTAATAATCCATCATCTTCAGCCAAAAATATGTCTGTCTCCCTCTGTC 4 2 5' arm Ictalurus_furcatus mirnest 100 100 -22.3 ......((((..(((((((..((((((((((..((((...(((.((((((....).))))).))).))))((((.((.(((......))).))...)))).))))).)))))...)))))))..))))..... (-22.3)