mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTGTGTGTGCATGTGTGT ACGTTGTACATAAACAGCACA TTACACCAGTACACGTTGTACATAAACAGCACACACGCTCTTCACTGAACTCATGTTCCTTGGCACTTGCACTGACTAAACAATCCTGTATTGAACGGATTAAACATCTGACAGTCATCACGTATTGCCCTGAGTCCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATGTGTGTCTTTGTGTG GCCGTATCTCTGTCTAGTTGTTTGTCTTCTTGCTTTGGCGTTCATTTGTTTTTGTTTTCCTTCGTTTTCTTCGCTGCTGACCTGGACGTCGCACGTGTCGTCCGCAGATTCAGTCCTAAGAACACTAATGTACTATATGATTTATTTTCATTTACACCAGTACACGTTGTACATAAACAGCACACACGCTCTTCACTGAACTCATGTTCCTTGGCACTTGCACTGACTAAACAATCCTGTATTGAACGGATTAAACATCTGACAGTCATCACGTATTGCCCTGAGTCCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATGTGTGTCTTTGTGTGTCTACAGTCTAACCATAAAATGTTTACAGTGAATATAAATTCTTCAAATTTGATCATTTCCACACACAAAAAAAAACCTCTTTATTTTACACATACACAGAAAACACTGTGTACGTGAGAGCCCTTTATGTGTGTATAAGTGGGTCACAAATGCAGCAATAACACTTACTACCAAAGGCAAAAAAGATGCCTAGTTGACTTCATTTAATGAACATATTTCAAGCTGTTTAAAAATCCGAGTAAAACTATTTTTCAAACAAAAAAAAA 2 2 3' arm Ictalurus_furcatus mirnest 100 100 -47.3 .(((((.((.(((((.((((((((.(((.(((((((((..((((..((((....))))...((((..(((..(((((...((((.....))))..(((((.....)))))..)))))....))).)))).))))....)))))))))))).))))))))..))))).)).))))) (-47.3)