mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATACTGTCTGGTAATGCC CGTCTTACCAGACATGGTTAGA GCCTGTTAATTGGCGTCTTACCAGACATGGTTAGATCTGATTATTTGTGTCTAATACTGTCTGGTAATGCCGTCCATTACA GGGTTTGGTTAAGGTGGAAGACTCAAATATTAAACCACGCCCATATTTGCACGTCTGAGAGAGTTTTTTATTTATTTTTTATTTAGTGTCACACATGCATGAAACTGAGTTATGTTTGTTGTTCATGGCCTTTTTTGTATTTTAATAAGTACGCATTACAAAGTCACGTCATTTACCTTCATAAAGAGGCAGTACTTTAGGCTTTAGGCTTTTCATCTCTCCTTTTGTTCTCCTGTTTTCCCTTCCGTTCTTTCAAACTTCATTGTAAATATAACTTGGATCACTGCAACAGATGGTTTTATTGCTCTTCAGTCACAGCTCACACTGTATTTCATTCCTGTTTTTCTTTCAAGTACAATAAATTCAGCCCAGTCTATGATATATCTATCTAAAGCCTGTTAATTGGCGTCTTACCAGACATGGTTAGATCTGATTATTTGTGTCTAATACTGTCTGGTAATGCCGTCCATTACATGGCATTAGCGTCCAGATGACAAAGAAAGGAAAGGATGCTCCAAGGATGTCATTTGCATTTGTGCTATTCATGCAGTATGATATCTAGTGTTTTGGGTTTTTTTTTTTAATTTGTTTGTGAAGGAAGTAATACGAATGAATCACTTACAGAATGCTCTGAATCATTTTGCCAGGTTAGTCAGGCCTTTAA 2 2 3' arm Ictalurus_furcatus mirnest 100 tni-mir-429 3e-25 -26.7 ...(((....((((((..(((((((((..(((((((.(((....))).)))))))..)))))))))))))))......))) (-26.7)