mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTCTTGTTTTTTGTTTTA AGATAGCCAGACAAATAAATC GTATTTTAAGTGTGTGGAAGATTTGTCTTGTTTTTTGTTTTAAAAATCACAACGTCCATTTTTTTTATACCAGAGCAGTGACCATTTTGATTAAATCTTCATTTTTCAATCCAGATTGATGGAATTGACGCGGTTAAATTGTTTTTCATGATGTTAAAGATAGCCAGACAAATAAATCGGCCACACAGAGCCATAA TAGAAAGCTTCTCGAGGGCCGAGGCGGCCTTTTTTTTCCCTTTTTTTTTTTTTGAGTATAGTTTTGTATTTATATAGGGAGTTTTTAAAATAGATTTGCGTATCAAAGTAATATTTTTTTATAATAAATGGTTTATAGCAGGTACAATAACATGTATTTTAAGTGTGTGGAAGATTTGTCTTGTTTTTTGTTTTAAAAATCACAACGTCCATTTTTTTTATACCAGAGCAGTGACCATTTTGATTAAATCTTCATTTTTCAATCCAGATTGATGGAATTGACGCGGTTAAATTGTTTTTCATGATGTTAAAGATAGCCAGACAAATAAATCGGCCACACAGAGCCATAAAAAAGTCTTTATCTTGGTTGCGTCTGCTTGGTTTTTCTGTCATGGAAGTTCCACATGTCTTATGAACTCTCTCTCGTATATCACATTATAGGTCTTGGTGTTTTTTTATATAATTAAAAAGAAGATGTTTAGAAAGCAATTTTGTAGCCGTGTTCTTCGACGCCCTCAAGAGTCTCCTCAACGACAGGAGCCTCAGCAATAACCTTGGTG 2 2 5' arm Lepeophtheirus_salmonis mirnest 100 100 -34.9 ..........(((((((..(((((((.((((((.(((((((.((.((((.((((((((((..(((.......(((.(((((..((((.....))))..))))).))).....)))..)))))).(((((...)))))..)))).....)))).)).)))))))..)))))))))))))..)))))))......... (-34.9)