mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAAGCTCGACTCTACAGGTAT ACCCTGTTGATCCGGGCCTTTG AATAAGACCCCATACGTATTCTACCCTGTTGATCCGGGCCTTTGTAGAACTTAACTTATCGACATTCGTTGGAACAATACAAACAAGCATTTGTTTGATTTGTATTGCAAAAACAATTTCGATTGTTTCAGAAGCTCGACTCTACAGGTATCGTACTGTATGGTTACAAT GGGGGATCCATTGGCAAGAAGATGTTGTTGAGAATTCATAAGTGATTGGAGCCTTGGATGGATCAGATCTTCCTAAAAAAGGAAAATCAACACTTCCTACATCATCAATTTCACTACAATATACATTAATTCAACAGCAACGATATTTGAAAGCGAACATCTTGTATATAAAAAATAGGAAGGAACCCTTCTCCTCCCACTCCCACTTCAAGAGGAGGACAAACTCCTAGGACTACTCCTTCTTTTGGACGAGAAATATCAACATCACCTTCAACATCTTTCAATAAGACCCCATACGTATTCTACCCTGTTGATCCGGGCCTTTGTAGAACTTAACTTATCGACATTCGTTGGAACAATACAAACAAGCATTTGTTTGATTTGTATTGCAAAAACAATTTCGATTGTTTCAGAAGCTCGACTCTACAGGTATCGTACTGTATGGTTACAATTCATCTCTTCAATCCCAGCTCACGACTGCAATTTGCATAAGAAGGAACACGAAATATAAGTACTCTAAATCCCGAAGAGTTCTACTCTTCTTATAAGTTATAATTTTTATATTTCTCTATCTCTCATTTATTCCAAAATCTATCCTAACTTCTTCCCAAATTAAAGAATAATAACACTCTTTCTACATCCATCATCCTTTGAATATTCAGACAGTGTGTGAAAAAGGCCTCAAAAATAGGTTGTAAGGTCTACTTAGAACGTATGTATTAGTAATACAATCACCACTCATTTCGCGCGTAAATACGATTTAATAAGCGACAAAAAATATCAAATTACTTCTTATAAATTTTATGC 5 1 3' arm Lepeophtheirus_salmonis mirnest 100 api-mir-993 0.00003 -45.7 .........((((((((((..((((.(((.((..(((((.((((........(((..(((((.(((.(((....((((((((((((((....))))).)))))))))....)))))).))))).))).)))).)))))..)).)))))))..)))).))))))....... (-45.7)