mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTCTTGTTTTTTGTTTTA AGATAGCCAGACAAATAAATC GTATTTTAAGTGTGTGGAAGATTTGTCTTGTTTTTTGTTTTAAAAATCACAACGTCAATTTTTTTTATACGAGAGCAGTGACAATTTTGATTAAATCTTCATTTTTCAATCCAGATTGAGGGAATTGACGTGGTTAAATTGTTTTTCATGATGTTAAAGATAGCCAGACAAATAAATCGGCCACACAGAGCCATAA CTATAGGGCGAATTGGGTACCGGGCCCCCCCTCGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGTATAGTTTTGTATTTATATAGGGAGTTTTTAAAATAGATTTGCGTATCAAAGTAATATTTTTTTATAATAAATGGTTTATAGCAGGTACAATAACATGTATTTTAAGTGTGTGGAAGATTTGTCTTGTTTTTTGTTTTAAAAATCACAACGTCAATTTTTTTTATACGAGAGCAGTGACAATTTTGATTAAATCTTCATTTTTCAATCCAGATTGAGGGAATTGACGTGGTTAAATTGTTTTTCATGATGTTAAAGATAGCCAGACAAATAAATCGGCCACACAGAGCCATAAAAAAGTCTTTATCTTGGTTGTGTCTGCTTGGTTTTTCTGTCATGGAAGTTCCAGATGTCTTATGAACTCTCTCTCGTATATCACATTATAGGTCTTGGTGTTTTTTTATATAATTAAAAAGAAGATGTTTAGAAAGCAATTTTGTAGCCGTGTTCTTCGACGCCCTCAAGAGTCTCCTCAACGACAGGAGCCTCAGCAATAACCTTGGTGGGTGGGACGGGGTGGGCATAAGCAGCTGGGGCATGAGCATAAGGTGCTGGAGCATAAACGGCTGGGGCATGAGCATAAGGAGCAGCTGCGTGATAAGGGTATGCATGAAGACCAGCGGCATAACCATAGGGAGCATAAGGAGCAGCATAAGCTGGTCCGTAAACTCCTGGGAGGATGGCGGCTTGAGCTGCGACGAGAACGGCGGCGAAAACAAAAAGCTTATACATCTTGGTAATGTGTGTGTTTTGACGGTGTGTCTGGAACTGTCCCC 2 2 5' arm Lepeophtheirus_salmonis mirnest 100 100 -42.9 ..........(((((((..(((((((.((((((.(((((((.((.((((..((((((((((((((.((..(((((.(((((..((((.....))))..))))).)))..))...)).))))))))))))))((..((....))..)).)))).)).)))))))..)))))))))))))..)))))))......... (-42.9)