mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACATTGTTAAAATCTGTAGTG ATAAATGATTATAAAAATGTTG ATGTAATTTTGTGTAAAATGCAATAAATGATTATAAAAATGTTGTTTTAAAATAACTGAGAAACACACTAACCAATAGGCAGTTTATTAAAATTATACATTGTTAAAATCTGTAGTGTGGTACAAATGATGAAAAG GTCTCTAAATATACATTTCATCCAACAGTATTATGATATTATTCATCAATATATTAAGCCCTAAAATTACTAATGATATTCACAAAGTGCCTCATAGTTAACATTAACATATTAAATTGCATAAGCATTGTGTATAAATTCCTCAGAATCAGGAATGTAATTTTGTGTAAAATGCAATAAATGATTATAAAAATGTTGTTTTAAAATAACTGAGAAACACACTAACCAATAGGCAGTTTATTAAAATTATACATTGTTAAAATCTGTAGTGTGGTACAAATGATGAAAAGTTGATACAATTTCTAACATATATTATAATTAGAGTTATTCATGTATGAAGGAAATGATCCTTTAATTATAATTTAGACTAAAACAAATCTTAAATAATTAAGAACAATTTTTTTTGATTTAAATAGACCTTAAAAAGTCCACTGAATGTACAATATAAACGTAGTTATATATTAATTTATAATGGGAGTCTATCCAGTCCAATGTCGAAACTCATGAGGTAGAGCTCCTCGACGAGGATAAAATACGTGATCAGTAGAGTATGGGCTCATATTAATCAGTTTAGAAGTATATATGTCCGCAAATCGAAATAAGTTACGAGAAAAGGCTGTTGGACTCACGTGAGTCCGAAAAATTGAACCGAAATAAGGATTGGACATTTTTTTCATTTTTAACGTGATATCGTTCAACTCATGAACCCATGACGTTATAACATCTTTACAATCCTCAGAGAGGTACATTTGATTGTTTTCAATCAAGCTCTGTAGAGTAATAGACCAATTCTGATACTTTTTGAATTCCTCCTTATTAATTGTATCGATTTCATCTTCCAATTCTCGAATAATTGCAGCAGTTCTCCATCCATGGTGTAAAGTCAGATCCTCAAGATCTGAATATGGATGATCCCCAAAATATAAAACCCTAAAACCTTCCCATTTCATCATTTTTTGAATAGTGTGCAGATTACCCCCTGAGTAAACTTTATTTGGGAGTAGT 5 1 3' arm Lepeophtheirus_salmonis mirnest 100 100 -23.6 .....(((...((((...((((.((...((((.(((.(((((.(((((((...(((((.....................)))))..)))))))...))))).))).))))..)).)))).))))...)))...... (-23.6)