mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATCAGCAGTTGTACATTTACT TTAAAGTTTGACACTGATTT CATAACTTTCCAGTTAAAGTTTGACACTGATTTGGTGGAGGAGTTGGCTCAGATGCACAATCAGAAGGACAGATTCCATATTCATTAGCCTCTTGATTTGAAAATAATGAATTAGCACACCATGGCACACCACCATTATCAGCAGTTGTACATTTACTATAAGTGTCT CAATTGAATTTAGCGGCCGCGAATTCGCCCTTTCGAGCGGCCGCCCGGGCAGGTACAAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACATGCTTCTAAAGTTCTATTTAATCTGTTATAAATCAAAAACATAAAATATTACAGAAATAGAAATAATCAAGATATATTTTAATACATTTCAACATTGGTTGTTGTGCCTTAACACTTGGACTCAATGCAATTTCCAAAGCCTAAATAATTACTGTTGCTATCAACAGAAGTGGCACACCATTTAATTCCACCATTATCAACTGACGTACAATTTGTGTAGCTTTGCCCATTATACATAAAGGGGAAAACACATAACTTTCCAGTTAAAGTTTGACACTGATTTGGTGGAGGAGTTGGCTCAGATGCACAATCAGAAGGACAGATTCCATATTCATTAGCCTCTTGATTTGAAAATAATGAATTAGCACACCATGGCACACCACCATTATCAGCAGTTGTACATTTACTATAAGTGTCTCCTTTGTACTTAAAGGGGAAAACACATGTTTTACCATTAGTTGAAACACAACCCTTGCAAGTGGACTCAATACAGTTTCCATAGCCTACATAATTAAGACCGGCACCTACAGAAGTGGCACACCATTTAACTCCATTATTATCAATATCTGTACACTCATTGTATGCTGCGCCAGAGTATACAAAGGGGAAAACACATGCCTTTCCAGTTGATGTTTGACAACCACTCAGTGACGGAGTTGATGTACTTTGACAGTCAGAGCCACAATTTCCGTAAGCATTAGCTTCTTGACTAGCAGTTACGGTTGTAGCACACCATGGCACACCACTATTTTCAGTAGTGGTACATGCTTGATAAGTTTCTCCCTTGTATTTGAAAGGAAAAAAGCAATTGACTCCAGATGTTGTTGAAC 4 1 3' arm Lepeophtheirus_salmonis mirnest 100 100 -33.9 ....((((...(((.((.((.((((.(((((.((((((.((((((..(((.(((.....))).))..)...))))))..((((((((...((.......))...))))))))..((........))...))))))..)))))..)))).)).)).)))..)))).... (-33.9)