mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGCTGCTGGAGAAAATATTC GTATTGCTCCGTCAATCATC GGAACTCCGATGGCTGCTGGAGAAAATATTCCATCGACAGAGACTGTGACAACGTTTTTCGCTTTTACAGCTTGAATACGATGCCACTTTCCATCACAGAGACTGAAAGTTGTTTTGGGTTTAAAGCTACTAAAAATAGGCCCTCTTCCATTATCTGCGGTGAATTGTATTGCTCCGTCAATCATCTGGAGAA GCCCTGTCTTTATTATTATTACTTTTGTCACATATCATAAAGGCACTTGTTGTAATTTCAATAATGAAATTGTGTTTTTTTAAATTAATGAACAGGAATTGAGACTGATATCTCCACTCGTCATTTCTGGCTCAATTTCCAATGGTTTGCTCTCAATAACAATATTCCTCATACATCCTACGTAGTCATGCTGCGTTGAAAGACCTCTTAGTCTTCTCTTCTTGGGATGTCCACCTATATATAAACCGTGGTTAGTGTCCGTAGATGATACTCCAGGAACTCCGATGGCTGCTGGAGAAAATATTCCATCGACAGAGACTGTGACAACGTTTTTCGCTTTTACAGCTTGAATACGATGCCACTTTCCATCACAGAGACTGAAAGTTGTTTTGGGTTTAAAGCTACTAAAAATAGGCCCTCTTCCATTATCTGCGGTGAATTGTATTGCTCCGTCAATCATCTGGAGAATGAGATAGTCCTTCCTACCCTGGATAGCTAAGAGTATACCAGAGATATTTCGAGGCTTAATGTCCATGTTAATATCAAAGTCCATTCCAACACGATACCTAGGTTGAACAAGAATATGCCCTCCCTTGGATCCAAAGAAACTTCCTTGCTCAACCATATCAGAGCAAGCAATCACGCCATTACTGTTATTCTTACTCCATTTTCCGATTCGTTTTCGCCTGTGAATAAATTCTCTAAGACATCCCACAAATCCAGTTGTAACCCTCATTAAGTTTCTTTGTACAGGCAACTCTTCTCTGAGTTCTTGTTTGATACCGCCCAGGAAAAGTTCTGGAATTACATCCAAGTTTTGAGTATCTCCCTCTG 5 1 5' arm Lepeophtheirus_salmonis mirnest 100 100 -44.3 ....(((((((((.((.(((((..(((((..(((((.((((...((.((...(((..((((((.....)))..))).)))..((.((((((..((.....))..)))))).))...(((((((.............)))))))...))))...)))))))))....))))).))))).)).))))).)))).. (-44.3)