mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCGACAGAACGAGACCCTGT GGAGTTTCGCTCTTGTTGCCCA TTTTTTGTGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTGAGCGGAGTTTCGCTCTTGTTGCCCAGCCTGGGCGACAGAACGAGACCCTGTCTCCAAAGGAAAAACAACAAAGAAGAATAAAATAATTTG TTAAAAGGTGACTGATTTGCCTTAAATTAAACCCTTGATGTCTAGTAATTTCTAATGGAAGTTCCTCAAGAATATTTTGTGAAAGTTAATAAAATCTAAGTTGCATATTAAAAAGCTTGTGTTTCATATAGGATAGCAGAATCGTTAAGAGCCCGAGTTCTGCCGCCTGCCTGAATACATTTCTGTGCTTAACTGCCTACTTATTGACTTTGGCAAGTAGTTTAACCTCTCTGACCCTCAGTTTCATCTTTAAAATGAAGATAATAACGCTTACCTCAGAGTGGCTGTGAGGATTAAATGAAATAATGTATGTAAAGCCTCTATTTGGTGCCTGGCACACACAGTAAGCTACAATTTTTTTAAAAGTTTTTTGTGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTGAGCGGAGTTTCGCTCTTGTTGCCCAGCCTGGGCGACAGAACGAGACCCTGTCTCCAAAGGAAAAACAACAAAGAAGAATAAAATAATTTGGATGAAAATCATGTTTATTTAAATAGTAATGTCATGAAGACTATTAAAGATGTGCCAGAATTTCAATGAAAATCATTAAAGGAGGGACCGCTAAGAAAATTAATATTAAATAATCAAAATTTATTGGAATAATCCTCAAATTTATTTGGATTGATTCCCCTTAAGCGGCACTTCCAATTCCTCCCCTTGTTTAACACTTTGTTACTCCATTGGGTGATCCTTTTTTGGGAAATAGTAATCGAAATTTTGGGCCTACAAAGGGCACCTTTTGCAGTGCAACACCCTTGGAGAGTTACCTTAAGAAAATTTTTGCGCGTTCCACGGGAAGTTAAGTGGGCCGAGCGGAAAGAAAACCAACTCCCAGAAATATGGCCCATATTTTCTTAAAATATTAAAGATTTGGGACACCGTTTGGAAACCCAATATAATTTTCGGGACATTCCACTCCTCGGCGGCTAGATTCTTTTTCTTTAAACACAAAAGGGGGGTCCTTCTCAACATNTTACCGGTGGGGAAATGGACCTGGCGGTAAAAAAATA 3 1 3' arm Homo_sapiens mirnest Metazoa_SRP 1.0E-7 hsa-mir-1273c 1.0E-7 -41.1 ...........(((((((((.((((((..(((((((((((((((.((((((.(((.((((((((...))))))))))).)))))).))).)))....))))))))))))))).)))))))))....... (-41.1)