mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAACCCAGGAGGTTGAGGCTA GCCTCTGCCTCCTGGGTTCA GAGGATTGTTTGAACCCAGGAGGTTGAGGCTACAGTGGCACAGTCTCAGCTCACTGCAGCCTCTGCCTCCTGGGTTCA AAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTGCATGAAACATATGAAGCAAAAAGTGAAAGTCCCCATTCTTTTCCTTTTTCCAGAGGTGATTTTTGTGGCCAATCTGGTTTCATTCCCTCCCAGACACTTTTCTAGGCATCTATGCGCCTCTATTCACATATAAACAAAATAGGAGTTTTCCTGTGCTTCCCTTAAATGGCATATGTATCTTTCACTCTTTTTTTCACCTAGTGGATCTTTAATACCTTAAAAGCTCAACCTNGGGCTTGGTGCGGTGGCTCATACGTGTAATCCCAGGCCTTTGGGAGGCCAAGGTGGGAGGATCACTTGAGCTCAGGAGTTCCAGACCATTCCAAAGCAAAAACAAAAGGATTTTGAGATCAGTGTGGGCAACTTAGCAAAACACCATCTCTTAAAAAAAAAAAAAAATTAGCCAAGCTTGGTGGTGTAAGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGAGAGGCTGAGGTGGGAGGATTGTTTGAACCCAGGAGGTTGAGGCTACAGTGGCACAGTCTCAGCTCACTGCAGCCTCTGCCTCCTGGGTTCA 2 0 5' arm Homo_sapiens mirnest Metazoa_SRP 3e-16 hsa-mir-1273d 0.0002 -44.9 ..........((((((((((((((.((((((.(((((((.........)).))))).)))))).)))))))))))))) (-44.9)