mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCCTGATGATGCTGCAG GGAGCATCATCAAGATTCACA GGATGATTGCACAACAGTCACTGTTTGCTGTTGGAGCATCATCAAGATTCACAATTTTAGGGTTCTTTTTTGATTGATTTGATCAATCAGCCTTTTTATGATTGAGAATCCTGATGATGCTGCAGTGGCAATAAGTGGCTAAATATTCCAATTT CTTCAATGTTACCATTCTTTTCTTTACTTTAGCTTTGGGTTTTTGTTTTTATAAGCTTTGCTTCATGTTCTTCACTTCTTTTTTGAAGCATTCATTTTGGGTTTCAACTTTTTTGGGCTAGGGTTAGGGTTTTTTTTGCATGGGAATGCTATGATGATGGTGGTGAGGATGATTGCACAACAGTCACTGTTTGCTGTTGGAGCATCATCAAGATTCACAATTTTAGGGTTCTTTTTTGATTGATTTGATCAATCAGCCTTTTTATGATTGAGAATCCTGATGATGCTGCAGTGGCAATAAGTGGCTAAATATTCCAATTTACAAGCAAATGCTACCACCAAAAAATTACAAAAAAAAAAAGAGGGAAAATAATGAAGGTGAATTAATCCTCTCTTTTGCTTGTATCTTTTTTGTTTTTGAAGAATACATTTAATGCTAATAACCTTACAAAAATGTTTAATATTTGATAATATTATTAGGGTTTTGCTATATAATCCAAGCTGTAATATACTGTAATAATCATATATCTATCTTAGTTTTTTTTTTTAATTTCAGTTTATATTATGTTATTCTGACCCTTTTTGTCAGATGTTTTCAGCTGCAAAAAAAACTCATTAATTTCCATTTTGTGTTTATATAATTTATATGTTTTTTTTCAATTTCTACTGATGATGCTCTGCAGGGAATATATAGCAAATCTCTTATGTAATCATTTTGGTTTTCTGTCAGCAATCTATAATCATTTTGTTAACAATGTTGTACATTAATTTTTTTCCCTTTTTCTTTGTTTATTGATGTAATTTTTTAGCCTTTTTTATGGGAATATTTTCAGTTAATTCTTTTTCAATGTATTTTATATGTAATTTTTTCACATTTCTACATGAAGGTTTTCATCTTTTTTGGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 3 0 3' arm Gossypium_hirsutum mirnest mir-172 0.000000009 ghr-MIR172 1e-66 -54.3 (((..(((.......(((((((..(((((((((.((((((((((.(((((.(((((..(((((.......((((((((...))))))))))))).....))))).))))).)))))))))).)))))))))..))))))).)))..)))..... (-54.3)