mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTCTGCTATGTGCCAGGCAT GCTAAGTGCTTTGCAGACAAA TTTATTAAATTTGTCTGCTATGTGCCAGGCATCATTCTAGGTGCTGAGAATACAGTAGTGAGTCCCCAAAGTCCCCAGCTTCTAGGAAAGGAGAAAGACAACGAACGATAACAAATAGACATGTAAATACCTGGCAATGCTAAGTGCTTTGCAGACAAATATTGCAA ACCAAACTGCTGTTCTGGAATATGCTCGCATTGAAAACTAGAACTGCCACCCTATTTAATACTACATCTGCCAACTGCCCTTCAAATTTAGGTTAGATGTCATTTGTGATTATCAGAGCCTTTGATCTCTCATTTCTATTAAGAAACCTGAAAGACATCTAATCATTTAAATACATTCTTCCTAGATTGCTGGAACTTACGGTAGTTATAAATCCTTTCAAATGTCTGATACCAAGAGCAACTAACTCTTACCCTTAAAACTAAAAAGGAGGTCTTTTTAGAAGGGAAAAAATGAAGGCAAGGAGCAGAAAAGACCTCAGGGTCACTATATACACAACATGGAAGAACCAGGGATTAGCGCCAAAGTTGGCTTTGTACTGTGTCCTTTATCTCTTTCTACCAGACCCAACGCAGCTGGCTGACATTTGACAAACAAAATGCTGCCTCTTTATTTCTCTGCCTTTGGCATATTTCTGATTTTCTATTATCCTCTCCTCCATTAGGACATTGTAGTTCAGCTTGACTTTAGATTAGAAACAGACTTGTACAGGTATAGTATACTTATGAGGGCCTGAGAAGAATAATGTCTGAGAATCATTCATTCACTTAACTCATGTTTATTAAATTTGTCTGCTATGTGCCAGGCATCATTCTAGGTGCTGAGAATACAGTAGTGAGTCCCCAAAGTCCCCAGCTTCTAGGAAAGGAGAAAGACAACGAACGATAACAAATAGACATGTAAATACCTGGCAATGCTAAGTGCTTTGCAGACAAATATTGCAAATGGAGGGAGGGTGATATTTAGTTAGGGAGTTGAACCTTCTCTGNAGAGATGCCTTAGAGCAAAGANCANGATGGACCGAGGGACCAACCTGGGAATTTTGGGCTTCCTTTTTAACTGGCCCTAAAG 5 0 5' arm Homo_sapiens mirnest 100 100 -32.8 ........((((((((((...((((..(((((....(((((((.......((((((..((.(((......(((.....(((((.....)))))...))).......)))..)).....)).))))..)))))))..)))))..))))...))))))))))....... (-32.8)