mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTTTTAAGATGGGATAATAG TTTTTTTTCTCTTAAAGGTTT TAATGGTGTGAACTTTTAAGATGGGATAATAGGCGCAGGGGACTGGAGTGGCTGGCTATCTGGAAATGGTGCACAGGTACACTTACCTTTTTTTTTTTTTTCTCTTAAAGGTTTTCCCCATT TCACTGCGACCTCCACCTCCCCAGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCTAGTAGCTGGGACTACGGGTGCACGCCACCATGCCCAGCTAATTTTGTATTTTGAGTAGAGACAGGGTTTCACCGTGTGGCTAGGATGGTGTCTATCTCTTGACCTTGTGATCCACCCGCCTCAGCCTCCCAGAGTGCTGGGATTACAGGTGCGAGCCACTGCGCCTGGCTGGTTTTCATGAATCTTGATAGACATCTATAACGTTATTATTTTCAGTGGTGTGCAGCATTTTTGCTTCATGAGTATGACCTAGGTATAGAGATCTGATAACTTGAATTCAGAATATTAAGAAAATGAAGTAACTGATTTTCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTCTACTTTATAACTCACAGATGGTTCCATGGCAGGTTTGGCAAGGTTGGGGGGTAAAGACAGTAGAACTATTATTCAGTAAACAATAATGGTGTGAACTTTTAAGATGGGATAATAGGCGCAGGGGACTGGAGTGGCTGGCTATCTGGAAATGGTGCACAGGTACACTTACCTTTTTTTTTTTTTTCTCTTAAAGGTTTTCCCCATTCGGGAAAACACCTTGTGGGGCTCTCGTTCCTACGGGACCCAATTGGTCTCGCGTCAAACCTGGGGGTATAAGCCCTAAATATTTCTAACTATCCAAAAGGGGGGGGG 3 0 5' arm Homo_sapiens mirnest 100 100 -31.9 .(((((...((((((((((((.((((.((.(((...((((.....(((((.(((((...(((....))).)).)))...))))).)))).))).)).)))).))))))))))))...))))) (-31.9)