mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCACAGCTTTCTTGAACTG GTTCAATAAAGCTGTGGGAAG AACATGGCTCTCTTCGTATTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCAATTTCATGTAATCAGATCATTCATTCATTCGTTGTCGTTGATGGTGCTGCATATATACGAGTACGTTGTTGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATACAAACAGGGTCAAAG AGGAAAAAGAAAAGAAAGAACAAAAAACATGGCTCTCTTCGTATTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCAATTTCATGTAATCAGATCATTCATTCATTCGTTGTCGTTGATGGTGCTGCATATATACGAGTACGTTGTTGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATACAAACAGGGTCAAAGTCAAAGTAAAAAAGTCAGTGATTTGAAAAATTCAATGTTAATTTCTTCTTTACATGATCTGAATATGTTTTTCTCTGTGTTCTTTTATATACAATTAAAGCTTACGTTACAATTTAGAGCATGTTAATTCTAAGACTCGAACTTGGTCTC 1 0 5' arm Gossypium_hirsutum mirnest MIR396 0.0000000000002 ghr-MIR396a 3e-73 -54.3 ....(((((((.((.(((((.((((((((((((.((((((((((((...(((((.((...............(((((......)))))..............)).))))).)))))))))))).)))))))))))).))))).)).)))))))... (-54.3)