mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGAGCCGAATCAATATCACTC CGTGATATTGGTTCGGCTCATC GAAAACCTCTGAATATATATTTGTGGGAGGAGTAGACACGACGTGATATTGGTTCGGCTCATCTTATTGTGATTAAAAATTTCAAGGCGAGCCGAATCAATATCACTCATGTATGCTTTTTTATTATTATTATCGGTTTAAAAAAAA GAAAACCTCTGAATATATATTTGTGGGAGGAGTAGACACGACGTGATATTGGTTCGGCTCATCTTATTGTGATTAAAAATTTCAAGGCGAGCCGAATCAATATCACTCATGTATGCTTTTTTATTATTATTATCGGTTTAAAAAAAAGAATTCCAGAAAATTTACTGTATTTACTGCAAAATCATGGTACGGATTTAACCATCCATTTCTTTGATCTGTTCGTGAATTTTATCTTCTAGGTGAGAGTCAACTTCTTCATATATCCAGTCCCCATACAATCTTTGGATCTCTTCCACTTCCTCATGCTTCAATTTATATATATACATATACAAATATATAATCAGCCTCGTCCGAAGAGACCAAGTCAGCTATTAGTCAAGGACTAGCTTGCCAGCCTAACTCGCCTAGCATAGCTCTTGCTGCTCAACTGCTGCGCACTCAAACATGTGGAACTCATCTCTCCAGCCTTGCCAAATCAAAAGGTCATGTCCCTCTCCTACATGGCCGATACGTGAAGCCCATCAAGTCTTTTCCACATCATGTCACCAAATCCATCAAGTCCAATTGCTGCCTAGCTAGAAAGGTTATCTCTACTCCCCAGCCACTTACCAGGACAAACCCCCCTCTTGCAGGAAATGGGTACACTCCAAAACTCTACCAAAATTTCTCCCGCACACCATTCAACCTCTCCTCTTACGACTCTCTGCACGACCTCCAATGCCGCCATTCTCACCCTTCAACTTTTCATTATATCAATATATATATATGATCTCTTAAACATGTTTGTAACCTAAATTATGTATGTGAAGGAATAAAATTAATTTAGGGTTGATACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTCA 1 1 3' arm Gossypium_hirsutum mirnest MIR171_2 0.000000009 ghr-MIR479 5e-50 -44.2 ..(((((....((((......((..(((((((((.(((.((.((((((((((((((((((.(((...((.((((...)))).))))).)))))))))))))))))))).))).)))))))))..)).))))...)))))........ (-44.2)