mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAAGTAATTGGGGTTTTTGC AAAACTGCAATTACTTTTTGC CAGCATATATTAGGTTAGTGCAAAAGTAATTGGGGTTTTTGCCATGACTTTGAACGGTAAAACTGCAATTACTTTTTGCACCAGCCTAATAATTTAA GAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACCCAGACTGGAATGCAGTGGTAGAATCACGACTCATTGCAGCCTCAACCTCCTGGGCTCAGGCCAGCCTCCTGGGCTCAGCCTCCCAAGTAGCCGGGACCACAAGCACACGCCACTACACCTGGCTAATTTTTCTTAGTTTTTGTAGAAACAGGGTCTCGCCATATTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGAAATTCTCCTGCTTTGGTCCTCCAGAGTGCTGGAATTACAGGTGTCAGCCACCACATCCGGCCTCTTAAAGGCTTTATATACAGCATATATTAGGTTAGTGCAAAAGTAATTGGGGTTTTTGCCATGACTTTGAACGGTAAAACTGCAATTACTTTTTGCACCAGCCTAATAATTTAATTCTCCAACAGCCCCTATGAGGTAGCTATCATCCCCCATATTACAGATGATAAAAACTGAGGCTCGGGTGAGGGGAATGAAATGTGCCCAAGGNTGTNCACTTAGCAAGAGGCAGATCCAGGACTCAAAATTTGACTNCATCTGGGTTCCAA 1 2 5' arm Homo_sapiens mirnest mir-548 0.0000000000004 hsa-mir-548aj-2 0.000000000001 -33.1 .......(((((((((.(((((((((((((((.((((((.(((............))))))))).))))))).)))))))).)))))))))...... (-33.1)