mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCGAGACGAATCTTTTAAGG TTAATAAATTTGTCTCGCAGT TGAAAAAAAAACCAATTACACTTGTTGTGTGTAAATTGCGAGACGAATCTTTTAAGGCTAATTGCGCCATGATTTGACAATGTGTTGCTACAGTAAACATTTGCTAATGACGGATTAATTAAGCTTAATAAATTTGTCTCGCAGTTTACAGGCGGATTATGTAATTTGTTTTGTTATT TGAAAAAAAAACCAATTACACTTGTTGTGTGTAAATTGCGAGACGAATCTTTTAAGGCTAATTGCGCCATGATTTGACAATGTGTTGCTACAGTAAACATTTGCTAATGACGGATTAATTAAGCTTAATAAATTTGTCTCGCAGTTTACAGGCGGATTATGTAATTTGTTTTGTTATTAGACTATGTTTAATACTTCAAATGTGTCTCCGTATATCCGATGTGACACGCCAAAACTTTACACCCTGAATCTAAACACCCCCTAAGTCAGTCATTTTGGTTCTGAGACTAATTTTGTCATGAAACCTGTCCTGTTAAGCTTATAGTTGTTGGGTCAGCTATTCAATGTTGCCTATTTCAATCTTTGCACCTCCTCTCAAGTTATAACTGTACTGTAAGTTTATATGGTTCACTGTAAATCTTGCCTTCTCGACCACCTCTTAAGAATGGTAAATTTCTATATGTATGTAATTCCTGTGAAAAGAACAGAAATTTTCATCTTAGTCATAGGCTCATATTGTCATTGTAGTGTGGTACTGGATGGTTATTCAAGTCCCAATACTTGTATTGGAAGTTTGAT 4 0 5' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR442 2e-62 -47.4 ....((.(((((.(((((((....((((.(((((((((((((((((((...(((((..((((((..((.....(((.(((.(((((.........)))))))).)))....))..))))))..)))))...))))))))))))))))))).))))....))))))).))))).))... (-47.4)