mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCAAAGGGATCGCATTGATC TCATGCGATCCCTTCGGAAT TTCCTAGTGCAGGTGGAGAGCTCCAAAGGGATCGCATTGATCTAATGTTGATGATGGGCTTCCTTGAAAACCTTAACGAATTAATTATTGATTTTTGTTGATTCAGTTCAGTACCCATTGGATCATGCGATCCCTTCGGAATTTTCCATCGCTAGCTCTA GGCACGAGCTGCCATAGAGCTTCACGGAAAAATCCAGTTTTGAACCCAGTTTTCCAAGCCTATTCCTAGTGCAGGTGGAGAGCTCCAAAGGGATCGCATTGATCTAATGTTGATGATGGGCTTCCTTGAAAACCTTAACGAATTAATTATTGATTTTTGTTGATTCAGTTCAGTACCCATTGGATCATGCGATCCCTTCGGAATTTTCCATCGCTAGCTCTAAATTTTTATCAACCCTTTTCCCTCCTGGTAAGCTAGCTCATCCTCGTGTTTCCTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGAAAAATAAAAATAAAAATAAAAATGCATTTTTAGTTTTTTTTTTCTCTGTAATTTTAGTTTCTACGTGCTAGTGCTAGTGCTCTCAGCTATGGAGAAACTGGTTTTGATTGACAGCATGAAAGTTGATTTGAAAGGGTATTTTTCTTTTCTGGGTCGTAGTCAAATATATATGGAAGATGCTCTAGAAAATTAAATACCAGTTCTTTTCTCTTATAGCCTTTATTTGCTATTGGAAACTAGCATCATCTTCATAGAATGAATAACTTAATAGAGTCCTATAGCTTAATTGTTTGTATCATGCACTGTAATGTTATCCCTGCTCC 1 1 5' arm Gossypium_hirsutum mirnest 100 ghr-MIR393 5e-75 -53 ...(((((...(((((((((.(((.((((((((((((.(((((((((.......((((((((..((((((..((((.((.....)).))))))))))..))...)))))).....))))))))))))))))))))).))).))))))))))))))..... (-53)