mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAAAAACCGCAATTACNTTTT AAGTAATTGAGATTTTTGCT ATGTAATATTAGATTGACGCAAAAGTAATTGAGATTTTTGCTATCATTTTTAATGGCAAAAACCGCAATTACNTTTTGCACCAACCTATATATGCC GAGCATCCAGTCCTACCCTAAACCTGGTGGGATTCCATCTTAATCTATCAAGCAATGTAATATTAGATTGACGCAAAAGTAATTGAGATTTTTGCTATCATTTTTAATGGCAAAAACCGCAATTACNTTTTGCACCAACCTATATATGCCTATTTAGGCATGCTTATTTATGCATATTTAGCCACTCAGCCTATGGCTGAGTGGACTATGTCAGAGAACTGAACCCAAGTTCTAGAGAGATCTGTCCCAAGTCAGCGGACAGCCAATATACAAGGAACCTCGCAGACAGACATACAGATGCAGAGATACCCCATCACATACATGTTAACCAGTTTGGACAATTTGAATGAAGCCTGTGGTCACCAGGGATATGGGAGCAATTCTAATCAGGATTGTTAGATTATCTCTAGAAGGTTGCTTCTGATAGCTTGGACAAGATGATGGCGGTGGGGGAGAAGCAGGGAATTCCTTGGCAGTAGGGAGGTTGAATACTTTCCTCATTGTGCTCTAGTAAACTGAGGAACTTCTAGCAGCAGGAGAAACATCT 4 1 3' arm Homo_sapiens mirnest mir-548 1e-16 hsa-mir-548c 0.000000000001 -24.4 .....(((((((.(((..(((((.(((((((...((((((((((........))))))))))...)))))))..)))))..))).))).))))... (-24.4)