mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGGTTCAGGGAGGGTCCCCA AGGACCTTCCCTGAACCAAGGA TACCGACCCTCGATTTGGTTCAGGACCTTCCCTGAACCAAGGAAGAGTCACAGTCTCTTCCTTGGTTCAGGGAGGGTCCCCAACAATGTCCTCATGGTCC AAATTTGGAAATAATGGAGCTTAAGCTTTACCGACCCTCGATTTGGTTCAGGACCTTCCCTGAACCAAGGAAGAGTCACAGTCTCTTCCTTGGTTCAGGGAGGGTCCCCAACAATGTCCTCATGGTCCTTTGCTATTGTAAAATTTGTGAAATATTTTTATTGCTGAAACCACCTTTGCAAAAATTGTAACAGTGAGAAAATAATGACAGTGAAAGAGATCTGATCTAACCAACCCTCATCTTCCATTTAATCTTCAGACTGCCCTTAATCATTCCTGGCTCGAACCGAGCTAACTTTGGGAGACATTTAGTTTCTAGTTTAAATAATAACCCTTCTCCGAGGCCTGGCACAGTGGTTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGATGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATAGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATATAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATATGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTAGGAGGCGGAGGTTGTGGTGAGCCAAGATTGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCAAAACTGCCTCAAAAAAAAAAAGAAAAAAGAAAAGAAATTGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATCATGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCCGGCTAAAATGGGNGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATNC 2 0 3' arm Homo_sapiens mirnest 100 hsa-mir-659 3e-50 -52 ....((((...(((...(((..(((((((((((((((((((((((((.......)))))))))))))))))))))))))..)))...))).....)))). (-52)