mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGCTCAGGAGGGATAGCGCC CGCTATCCATCCTGAGTTTCA TCCAGTATGGAAGAATCTGTTAAGCTCAGGAGGGATAGCGCCATGGATGATCCATCTTTCAAGCTTTCATGCATGTATGTTATTTGATCCTCATATAGCGCTATCCATCCTGAGTTTCATCGGTTCTTCTTGCTTGC ACCGCTCACCAACATTGGGGTTTTTTTTCTCTCCTCTTTTTTATTTAATTCCAGTATGGAAGAATCTGTTAAGCTCAGGAGGGATAGCGCCATGGATGATCCATCTTTCAAGCTTTCATGCATGTATGTTATTTGATCCTCATATAGCGCTATCCATCCTGAGTTTCATCGGTTCTTCTTGCTTGCTGTCGCTCCGTTAGCCGAAAAAGGAACACACAAAAATCTTGTGGGTGTTGGGTAAGTTTTGCAGGCTCCACGATTCCACTAGAAAGGGGGAGAAACAGTTGAAGAAAATTCCCCTTTGTCGTATAAATTGGAGAAACAAACAAATAAGGGGCCTTATATTTGTGGACATAATTAGTTTGGTCCTCTAATGCATATGCGGAAGTGATGCTTCTGCTTGTATTTGGTGTTATGGAGAGGCACTGTCGCTGTTATAAATTAAGTTATAAACACTATTATGTGCATGAAATTATTGAAAGGATGTAATTTGTCTTATTGTAGCAGTGGACATTGAATGAGAGTGAAGAGTATGGCATGTGCTTAGGTGCAGCCTGCAGGTCTCCTTTTGCTTTTACTAGCCTTTACCATGCTCCAACTAATGGGGGTTGACATGATATTCCGATTCATAATAAT 2 0 5' arm Gossypium_hirsutum mirnest MIR390 0.000000000000002 ghr-MIR390b 6e-71 -49.6 ...((((.(((((((((.((.((((((((((.(((((((((.(((((.((((.......((.((......)).))..........)))).)).))).))))))))).)))))))))).)).)))))))))))))... (-49.6)