mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAAACCACAATTACTTTTGCACCA GTGCGAAAGTAATTGCGATTTTTGCC GAAATACAGGTTGGTGCGAAAGTAATTGCGATTTTTGCCGTTAAAATTANAAAAACCACAATTACTTTTGCACCAACCTAAATAA ATTTTAGACACAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCGGTGGTATTATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCTCGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTTCCGAGTAGCTGGAATTACAGGCACCCACCACCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTTACCATGTGACCAGGCTGGTTTCGAACTCCTGACCTCAAATGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAACTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGCTCCCAGCCTATTTGCTAATATTTAACCTCTTGAGAGTCTTTAATTCTTTTTTTCAACAAGTGTTCATTACCTGCTATGTGCCAGCTTAGATGCTTTGGATGAAATACAGGTTGGTGCGAAAGTAATTGCGATTTTTGCCGTTAAAATTANAAAAACCACAATTACTTTTGCACCAACCTAAATAACTAAAACACAATTTCTTCCTATCATGGGGCTTTCA 4 1 3' arm Homo_sapiens mirnest mir-548 0.000000000005 hsa-mir-548aa-2 0.000000000004 -29.1 .......(((((((((((((((((((((....((((...............))))...)))))))))))))))))))))...... (-29.1)