mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGAACCACAATTACTTTTGC AAAAGTAATTGCAGCTTTTGC TTAGGTTGGTACAAAAGTAATTGCAGCTTTTGCCAGTGAAAGTAATGGTAAGAACCACAATTACTTTTGCACCAACTTA CTTTTGGGGTCTTTGCTGGGTCTTTGCTCATTTTAACAGTTCACACAGAGATGTTTATAAAGGTTTACCTCTCCTCACCCCATTCTATTAGGTTGGTACAAAAGTAATTGCAGCTTTTGCCAGTGAAAGTAATGGTAAGAACCACAATTACTTTTGCACCAACTTAGTTTCAGCTATCTGAGATAATTACTGTGGTATGTTTTCTTCCATACGGTTCTCTATTTACTCTCATCAGTTGTGTGTGTGATTTTATTTCACCGGATTATTGTTTCAGGTAGCTGCATAACATTCCATAGTATAAATGGATGTCTCACTATGTCAACAGTATTCTTATTTTAGTTATTTAAATGTTTTACATGTATAATTAGGTTTTTTTTTTTCTTATTACAGTTTCGAGTAGTTTTTTTGTTTTGCTTTGAGATGGAGTCTCA 5 0 3' arm Homo_sapiens mirnest mir-548 5e-18 hsa-mir-548aa-2 3e-16 -30 .(((((((((.((((((((((((....((((((((.((....)).))))))))....)))))))))))).))))))))) (-30)