mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCTAGCATTTCCCACATTCA AATATGGAAAATGCTAGAATG TTCTTATACTTCCTCCGTTTCACAATGTAATTCATTCTAGCATTTCCCACATTCATATAGTTGTTAATGAATCTGGACGTATTTATCTAGATTCATTAACAACTATGTGAATATGGAAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGAGGGAGTACGTTT CTTTCTCCCTGCTATGTCCTAGGAGGGTGTTGCACGACTGTTTTCATGGGAGAAACGACAACGACAGGGGCGGGTAGATTATTCATGTATGTTGATCCACCTTAGGTTCATGAGCTGCCTTCCAAATGCCTCAGTTTCATCTCTCCCAGGCTATTTGGAGCATTGGGATTTCACAGACTAGTATTTAGATAAAACAGTTCAACTCCCACCATACGGTTCTTGCAAATTGTACGACTATAGAGACGGACGGCCAAGTTTTCGACCTTTTGTTGCATCTTTGATGTAAATCCTGAGAGGCCAATTTGGTGGCTCACTGGCGTCCCTTGAAATATAAAAAAGTTAGGGGATTTTTCTTGAGATCGAACTAGTTCTTCGTAAAATCGCACCAAACTTCTTATACTTCCTCCGTTTCACAATGTAATTCATTCTAGCATTTCCCACATTCATATAGTTGTTAATGAATCTGGACGTATTTATCTAGATTCATTAACAACTATGTGAATATGGAAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGAGGGAGTACGTTTCAAAGACACCTATATTTTAAAATGTCAGCTTGGTAATTAATGAAAGTGCCATTTTTTATTAACAAAATCTTGCGAAATACAATTATTACCTTCAACGTTAGGGGCAGACTAANGGCTTTACCTCAAGGACTAAAATACATATAAAAAAAGGAATATTTGGGAGTACTTACTCTATTCCAAAATAAGCCAACCCCGTACTCACATCCTAGTACAAGGTTGGTATATTTTAGGACGGAGGANNTNNNNNNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAACA 2 0 5' arm Gossypium_hirsutum mirnest MIR1122 4e-45 tae-MIR1132 5e-41 -95.1 ......((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((((((((........))))))))))))))))))))))))))).))).)))))))))))))).))))))))))))))))))))))))..... (-95.1)