mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAAACCACAATTATTTTTGT AAAGTATTATGGTTTTTGC GGATTTCGGGATAAAGTATTATGGTTTTTGCTATTTATTTTAATGATAAAAACCACAATTATTTTTGTACCAACCTA GGCTGGACCGGTCCGGATTTCGGGATAAAGTATTATGGTTTTTGCTATTTATTTTAATGATAAAAACCACAATTATTTTTGTACCAACCTAATATTTAGGATAAATACCAGTGATCTCTTAGGAGATATAGAAGCTATGCTATATAGCTTGCCCACTTGGTCAAGACAACACTGAATGAATACTTAGGATTAGAGAACCAAAAATAATTACTAATTACATGAACACGGAAGTACATGCATTTTGTATCTGAGCTCTCTGCTGCTACTTGTCCTTTTAAAAACCGTAGCTCAAAGAGAAAAGGCTAGAAATATAGCTTATATTTTCTGCACTGTGGAAGTACTCCCCCCTTTTTACTGCTGTACATCTGCTATACATTCTGCTGCAGGTAGACATTTTCTAAACGCTTGCTAGAAATACAGTGTTTTTTGGAAAACTGATGAGTAACATGAGGTTATATCACATGTTAAATAATTTCTCTTTACGGAAAAGTTCACAACTTTGATCAATATATGTCAAATCCTCCTAATTTTCAGGTATTTTCTTCCTTCCAAAGTCTTTTTTTTTCGTAGTTATACTCTTAAATCCACTTTGATGGCTTGAGGCCATTCTTATATTTCAAAAGCAGGAACTTTTCTGAAAATGATGCACAAAGTAACCCTAGTTGAAAGAACGTGGGGGGGAATTCGGGTCCCCTTCAGATAGTATTTTGCTCCTACTCAGGGACTCTTAGTCCCACTGCCCTTCTTAAGCGAAAAGGTGGCCACCTGGGAGCCTCTGGCAAAGGCACAACCCTGCAGCCTGCCCTAGGGGGAAGCTTCTACTCCCTCCCCAAAAATTTCCCAAATATGGAGTCCATAAAT 2 2 3' arm Homo_sapiens mirnest mir-548 0.000001 hsa-mir-548t 0.000000004 -17 .......((.((((((.(((.(((((((((.((((......)))).))))))))).)))...)))))).))...... (-17)