mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCAGACTCCTAGTCCAGTGCT ATTTGGCCTTAGAGCTGGAG TTTGCGTATCACACAGAGACAGATTTGGCCTTAGAGCTGGAGATTCCAGACTCCTAGTCCAGTGCTCTTTCCAAATGTGTCTAAC ATCCTGATAACATGAGCCACAGAAGGTGGGTGAGATTTGCGTATCACACAGAGACAGATTTGGCCTTAGAGCTGGAGATTCCAGACTCCTAGTCCAGTGCTCTTTCCAAATGTGTCTAACAAGGCAGGCTCTCCCAAATGTGTATAACCAAGGCAGGCTCTCCCCTTCGCTGATAACCCTCCAGACGATTACCAATGTCACCCACACAGGGACTTCCCTTGAACTGGTATTCCCACGGGTGGCTTTACAAGTGAATGGGGGCTTTGAGCAGGCTTGGAAAGGGTTATTCC 5 1 3' arm Homo_sapiens mirnest 100 eca-mir-345 0.001 -21.9 ..........(((((((((.((..((((.((..((((((((...))))).)))..)).))))..)).))))....)))))..... (-21.9)