mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGATGACCATCAACAAACA TTTGTTTATGGTCATCTAAGC TTGTTGAATGTGTTTGTTTATGGTCATCTAAGCCATTTTTCATCTCGCCAATTCTTTGTTCAAGCAGTTTTTGGATAATCGAACCGATAGACTACACCCGCAGAAATGATGTTTAGATGACCATCAACAAACAACTTCCTCT CGAGTTAAATCAACTTATTCTCTTGATTTTACATGCAAGATTGGATATGCTCTTTCTGTTTTCATGAAAATGCATTGTTGAATGTGTTTGTTTATGGTCATCTAAGCCATTTTTCATCTCGCCAATTCTTTGTTCAAGCAGTTTTTGGATAATCGAACCGATAGACTACACCCGCAGAAATGATGTTTAGATGACCATCAACAAACAACTTCCTCTTATTGCATCAAGTGTTTATTTAAGGTTTTGTTACGGTTTAAAACCACCTTTTCTTTTTCAATCAACATTCTTCCCATCTCTACAAAAGTTCGAGTGCCAAATCTTACCATAAAGGTGAAATCAATAATTTTATGTTGGGGGCCGGAGTATAAAGGAGACGAAGGGAAACTGTAATATGGGATGAGCTATTTTGCGGTTGTTATTCTCTTTGGTAAACTGNTTTACACTTGCGATAAACACGACACGAAAGAAAACATGTCATGATTGCCGAAGAACTTGGNTTCAGTGAAGCAATTCAGAACTGAAAAAAGGTCCATTTTGCAGGTACACACGTGGCGGCAGGTACAGGGAAGGCGGTACGCGCAGAGGCTAGTTCCCGAGTCGTGTAGTGGCTGGAGTTGTGCTGGAGGCGGCGACTGCTATTTTTCTCTGCTAGGGGTTCCTTTTTCCTTTTCCTTTTTTGGCTAGGGTTAGTTGGGTTAGTGGGGCTGNTTGGGTATANGCTATGGGGTAAAGCTGGGCCGGGATGGGNTTTTGGATTGACATAATGGATTATTAGTTGGNTGGTTTAATTTTTTTATGCAGCCGGCC 1 0 3' arm Gossypium_hirsutum mirnest 100 ghr-MIR827c 7e-77 -36.5 .....(((..((((((((.((((((((((((((......((((.((((....((((((((((((.....)))))))))(((...))).)))........)).)).)))).)))))))))))))).))))))))..))).... (-36.5)