mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTCTGCATTTTTAACAAGCT TCTTGTTAGAATGCAGATTCT GTGTTCTTCAGTGTGCATCAGATTGACTGGGATCTTGTTAGAATGCAGATTCTGCAGATCTAGGGTGGGGCCAGCTTTTCTGCATTTTTAACAAGCTCCAGATGATAATGATGCTTCTGGCCCAGG TTTAGTGTTTGAATTTACCTGCTGTAATATGTTTGGGAGAGGGCTTAATAGAATTGCTGCTACAGTCTACTTCCCTTTTGTTTCCCATGTATTTTTTCATCGGCTTGCATCACGTGGATTTATAGATTAAAGTGAAAAACCCGGGATATCTGTGTTATTCTCTCCATCATTCTGAAATTGCTGGAGAAAAAATTGGCTTTTAATTTATACACTCTCGTGTTCTTCAGTGTGCATCAGATTGACTGGGATCTTGTTAGAATGCAGATTCTGCAGATCTAGGGTGGGGCCAGCTTTTCTGCATTTTTAACAAGCTCCAGATGATAATGATGCTTCTGGCCCAGGACCATATCTTGAGTAGGAAGGAATTAGGATACTATATTTGGACAGTAAACATTCTTCCTGCAGTGAGACTGAGGCTGGTAGTCAAGGCCATGGCTGGGAAATAACTATTCTTAAATTGGGATGCATCATCCAAGTAGAACAGCATCACATGTTATACCATCTAGAGCTACTGNGTTAAGCTTGCAATACTTCGTATAGATCACAGTTATCTTTATCCCAGCAAAGTTCTACTCCAGTTTTTACTTCCAATCATGTAGG 3 1 3' arm Homo_sapiens mirnest mir-544 0.000002 100 -40 .......((((...((((((.((((.(((((..((((((((((((((((....((...(((.....)))....))...)))))).)))))))))).))))).))))..))))))..))))...... (-40)