mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCACCCCT GGGTGCCACCTAAGAACACAGG TCACCCACTTAGCCAAGATGGTTTACCCCAGAGGGGTGCCACCTAAGAACACAGGTCATCCCTTAACCAAATAGCTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGGGGTACATATATCTTCGCCTATTTTCT AATCCATCCTAAAATTCTTAAACGCAGGAAGTCACCCACTTAGCCAAGATGGTTTACCCCAGAGGGGTGCCACCTAAGAACACAGGTCATCCCTTAACCAAATAGCTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGGGGTACATATATCTTCGCCTATTTTCTGGATTTGCAATGGAAGTACTTGTTTTTTCTTAACAAGTTCTTCAGATTTTAAACTGTCACTATCTTCTTAATTTGTGCAGTTTAAGCCGTTCTTCAATGATGACAATATTATGAGGTGGTAGTGGATATTTAAACTTCATCATGGCTGGGTCACCCTTCAAACTCGAAGTCATTTCAAAAAAGTAGAGATTTTAGACAAAAATATAAGTTTAGAAAATAGACTTGAACAAAAATAAGGTTTGTTTTCTAAACGAGCCTAGCCTTGAGTAGGATTTTTTTGCCTAAGCTCGGCCCAGCTCGACTCAATGTTTTATTGTTGATTCATTACAGTTTTGTTGTCATTTCGTTGTTGTTTTACTACTAATTTGTTATTATATTATTACTATTTTGTTGTTATTGTTTGGATATTATATAATCTTTATTTTATCATTACTTTTGCTACTA 1 2 3' arm Gossypium_hirsutum mirnest MIR398 0.0000005 gra-MIR398 5e-56 -52.7 ...........((.((((((...(((((((((((((((..((((.(((((((((((.((...........)).))))))))))).)))))))))))))))))))....)))))).))......... (-52.7)