mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGTGGGCATACTGCCAACTG TTGGCATTCTGTCCACCTCC ATTTTTAGTTTGCTTTCATGGGGGTTTAGCAAAGGGCTTCTTACAGAGTTTATTGGCATTCTGTCCACCTCCCCATCATGGAAAAAGTCCGTATTTTTCCCCTCTGGTTTTTCATGGAGGTGGGCATACTGCCAACTGTGCTCTGTTGGCTTCTCTTTGTAAAATCCTTGTGATGCATTTCTTCCAG GGCACGAGAAAGACTGAAGGGAGAGGTGGGTTTTTCACCAGTAACGAGGGAAGAGAAGGGAATAACCATGATGATGAAGATGATCCTTTGATTCTTCTAAATATGCCCTTCCCTTATAGGGGAATGAACCATCCAATCTTAATTATATTTTTTATCTGTCTTTTTTAGTCTGAAAAACACCCCTTATCTTCCTCAGTCCTTCTACCTCCCTCTTTAATTAATGACACCATCTCACTCTCTCTCTTATTTACTATTCTTCCTTCATTGCATCTTAAATAGGAGAACCCCATCGGCATCTACTCCACTCTCCTGTTTTCATTTATACACTCTTTTCTTTTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCCTTTCTCTTCGTGTCTCAGTGGTGAATACAAGGACAGTTAGTTTATCATTTTTAGTTTGCTTTCATGGGGGTTTAGCAAAGGGCTTCTTACAGAGTTTATTGGCATTCTGTCCACCTCCCCATCATGGAAAAAGTCCGTATTTTTCCCCTCTGGTTTTTCATGGAGGTGGGCATACTGCCAACTGTGCTCTGTTGGCTTCTCTTTGTAAAATCCTTGTGATGCATTTCTTCCAGCTTTCGTCTCACTCTGATGAACTTCCAGGTAACTTTACTACTTCATACGAAAAGAAATGGAATGAAGAACATTTTACCATCTATTTGGTACTTTCATCATGCTAGCTTCTGCTACTTGGAGGTTTTGATTATCAGTAGTTAGATATGTACTGACTAGTCTACTGAGGTTTG 3 1 3' arm Gossypium_hirsutum mirnest MIR394 0.0000000002 ghr-MIR394a 1e-91 -67.1 ......((..(((..((((((((((((.((((((((...((.(((((((.((((((((...((((((((((((((....(((((((.......)))))))....)))........)))))))))))...)))))).)).))))))).))...)))))))).)))))))))))).)))...))..... (-67.1)