mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTGCCTACTCCACCCATGCC GATGGGTGAGGGGGTAAGACA AGACGATGGAGAAGGAGCTTAGGATTCTAGAAAGCTCGTGGGATGGGTGAGGGGGTAAGACAATGGACTGTTTCAGTCTTTTGGAAACAGAAATAAAGAAGAAGGCTGGTTTATGTCTTGCCTACTCCACCCATGCCACTGGTTTCCTGGTGTTCCTCCTCCTCCTAAAGTCTCT CGCTTTGGTAGTTTGATGGAGAGACGATGGAGAAGGAGCTTAGGATTCTAGAAAGCTCGTGGGATGGGTGAGGGGGTAAGACAATGGACTGTTTCAGTCTTTTGGAAACAGAAATAAAGAAGAAGGCTGGTTTATGTCTTGCCTACTCCACCCATGCCACTGGTTTCCTGGTGTTCCTCCTCCTCCTAAAGTCTCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTTGCATCCTAAGATCTATCTTTGAGATTGATCTGTTCAATGTTCTGTAATATCCGTCATCTGTGCTTCTTTCTTCTTTTTTCTTTTGACGTGTACT 2 1 3' arm Gossypium_hirsutum mirnest 100 ghr-MIR482b 2e-96 -65.4 ((((...((((.(((((....((((.((((.(((((.((((.(((((((((.((((((((((.(((((((((((..(((((((....)).....))))).))))..))))))))))))))))).)).))))))).)))).))))).)))).))))))))).))))....)))).. (-65.4)