mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCCCAAAGGGGAATTTTTTTT AAAAAACCTTTTTGGGCAC TATTTCCTGGGAAAAAAACCTTTTTGGGCACAGTTTAGTTGGAAAATTTTAAGGAGGTTAACAAACCCTTAAGAAAAACATTTTTTTTTCAAAAAACCCTCCCCCCCTGGGGGGGAAAGGAAAACCTTGGGGGGGTTTAAAAAAATCTCCCCCAAAAAATTTCCCTAATGGGGGGGACACTTGGCCCAAAGGGGAATTTTTTTTAAAAAACCT GACCGGACCGAAGGAGTAGAAACTTTTCTACGTCGGCCGCGTGGCCGGAAGACATGGCCACTCCAGTCGGTGTTGAGCACGGCGAGCAGTCTCAGGCCTTTAGTGATGATGGTGCAGTCAGCCTCAGTTTCCAAAGCCGGAAAAGGATCCTCTAGTAGCCACGGTGTGGCAGCTGCTCTGAACCAGGACCTGGACCCGGACCCAAAGTGCCATGTCTTTAATGTTAGCTCCCAGCGATGCCAGAATGGGATCAGCACANGCCCTGGCCTCNNTGCTGCTAATTGTTCCCCTCTAAAGTAAATCGCCCATGCCNGTTCTTTCGGGGCTTTCATCTTTTAAAGGGAAATGGAAAGCAAACCTGAAAGAATTATTTCCTGGGAAAAAAACCTTTTTGGGCACAGTTTAGTTGGAAAATTTTAAGGAGGTTAACAAACCCTTAAGAAAAACATTTTTTTTTCAAAAAACCCTCCCCCCCTGGGGGGGAAAGGAAAACCTTGGGGGGGTTTAAAAAAATCTCCCCCAAAAAATTTCCCTAATGGGGGGGACACTTGGCCCAAAGGGGAATTTTTTTTAAAAAACCTGGGAAAAAAGGGGGAAACCCCGGGGGGTTTTTTTAAAACCCCCCCCCGGGGTGTGGGGAAAAAAAAAACCCCCCCTTTTTGGGGGGGGGGAAAAAACCTGGGGGGTGGGCCCCCCCCGGAGAGATTTTTTTTTTCCCAAAAAAAAAAGGTTANAGGGAGGGGGTTTAAATAAACACCCCCCCCGCGTTTTTTTTCCTCCCCCCGGGGGGGGGGTTTCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCGGGGGGGGGGGGTTTCTCCCCC 0 2 3' arm Homo_sapiens mirnest 100 100 -67.6 ..........(((((((((((((((((((.((((((..((((((((((((.(((.((((....))))))).)))).........)))))))).))))..((((((((....(((((((........(((((((((.((.....)).)))))))))....)))))))...))))))))....)))))))))))))..))))))))......... (-67.6)