mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCGCCCCTGTGCCGCCCCCC GGGGCCGCGGGGGGGGCCCC CCCTGGAAAACACCCCCTAAAAGGGGGTTTTGGCGCCCCTGTGCCGCCCCCCGGGGTTTTTCCCTTTAGAAGGGGCACGGGGTTTAATTTAAAGGGGGCTTCCCTCCAAGGGGAAATTTTTTTCCACCAAACCCCCGGGGGCCGCGGGGGGGGCCCCCCCCCCCCCACAAGGGGGGGGGTCTTCT GGTGTGGAAGCCATGAGCAAGTCTCTTGCAGCTGAATGGGGTAAATATGGAATGCGATTCAATGTGATTCAACCAGGGCCTATAAAAACCAAAGGTGCCTTTAGCCGTCTGGACCCAACTGGAACATTTGAGAAAGAAATGATTGGCAGAATTCCCTGTGGTCGCCTGGGGACTGTAGAAGAACTCGCAAATCTTGCTGCTTTCCTTTGTAGTGATTATGCTTCTTGGATTAATGGAGCAGTCATTANATTTGACGGTGGAGAGGAAGTACTTATTTCAGGNGAATTCAACGACCTGAGAAAGGTCACCAAGGAGCAGTGGGACACCATAGAAGAACTCATCANGAAGACAAAAGGTTCCTAAGACCACTTGGCCTTTCATCTGGNTACAGAAAGGGAATANNAAATGAACAAATTATCTCTCATNCTTTGACTATTTCCAGTCTAATAAAATCCTAAATTACCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAACCGGGCCCCTTCCCCATGGGGCCCGGTGGATCCCCGGGAACCAAAGAAAGGGCGCCCCGGGGTCTTTGGTTCCCCCGCCCCCCCCTGGAAAACACCCCCTAAAAGGGGGTTTTGGCGCCCCTGTGCCGCCCCCCGGGGTTTTTCCCTTTAGAAGGGGCACGGGGTTTAATTTAAAGGGGGCTTCCCTCCAAGGGGAAATTTTTTTCCACCAAACCCCCGGGGGCCGCGGGGGGGGCCCCCCCCCCCCCACAAGGGGGGGGGTCTTCTCCCGGAACACCCCAATTTCTGGGTTTTAAAAAAAGGGCGGGGGGGGGTGGTGTTTTTTTTTTTCCCCCCGCAGGGGGGGTGTTTTTCCCGGGGGGCGCCTTTTTTTTGGTTTTATTTCGTCGCCGAAAAAAGAGCCCCCCCCCCCTCCCTTCTTGGGGG 3 1 5' arm Homo_sapiens mirnest 100 100 -89.9 ...........(((((((...)))))))...(((.(((((.(((.((((((.((((((((((((((((((..((((.....))))..)))))))))))....(((...)))(((((....)))))...))))))).)))))).))).))))))))..(((((((((....)))))))))...... (-89.9)