mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATGGATTTTTGGAGCAGG CCTCCGGGGATACCAAAAA AATATATTAAATGGATTTTTGGAGCAGGGAGATGGAGTAGGAGCTTGCTCCGTCCACTCCACGCATCGACCTGGTATTGCAGTACCTCCAGGAACGGTGCACCCCCTCCGGGGATACCAAAAAAAAAAA AATTCGCGGCCGCGTCGACTACGGCTGCGAGAAGACGACAGAAGGGGATCGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATCTGTTCTTATCAGTTTAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATATATTAAATGGATTTTTGGAGCAGGGAGATGGAGTAGGAGCTTGCTCCGTCCACTCCACGCATCGACCTGGTATTGCAGTACCTCCAGGAACGGTGCACCCCCTCCGGGGATACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCGGCCGCTCGTTGTCGCGCGGCCGCG 3 2 5' arm Homo_sapiens mirnest U2 7e-43 100 -40.1 ...........(((((((((((((..(((...((((((.((((....))))....)))))).((((((.(((((.............)))))..)))))).))).)))))))))).))).......... (-40.1)