mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTATAGCATCATGAGCAATCA ACTGCTCATGATGTTATATCA AGAAAGATCTTGTATAGCATCATGAGCAATCAGCCTTGCAACTTTTTTTTTTTAATTAAAAAAAATTCGAAAAGTGACTGCTCATGATGTTATATCATTTTTCAT AGCAGCTAAGCTTATATCTTAATTAGTAGTAAATTAGAAAGAGAGAGATAGTTCTTACAAATCACAAGGCTTGAGCTAAGCACACAACATGATCGACGAAATACCAACATGATCGACGAAATACTCCAAAGAAAGAAAGATCTTGTATAGCATCATGAGCAATCAGCCTTGCAACTTTTTTTTTTTAATTAAAAAAAATTCGAAAAGTGACTGCTCATGATGTTATATCATTTTTCATCAATGATGAGATCTCTTGGGTTTTTAATCTTTTTTCTTTTTATTTTTTTTCATCTTCTAATAGTTCTAAATAAAGCCTAGTAATTCTCCTATCGGAAAAATCCAGCACCCAGAGCAGGGGGAGGTGCCCAGTAATCAGCTCCATTGTCACCACTCCATACTTCAAGCGTGCATGATACTGGAACCAAGCACAGCCCTCTACTCCTCAGGGCTTTCTTTGCTTCTTCTTTACAATCAGATTGTTGTTGGTGCCTCATGTTAGCTGATCCACTGCCCAAGTAAGGTAAGCTGAGAGCCTCAATTTGACTCTGAAGGAATCTGATGTACCCAATAGCTTCTGACAATACAGACGCTGTGTCAGTCTTCCCGAATGGAGAAACTAGCTGGTGAAGTGATGTAATCCTGTCTCCTAATTTTTCCTTCCTCACCTTTAAGGTAGATTGGGTTGCAGAAGGTTGAACCCTAGGCTTCTTCAATGGCCCCCCTGTTGC 2 0 5' arm Gossypium_raimondii mirnest 100 100 -33.8 .(((((((...(((((((((((((((((.((.((...)).(((((((((((((......))))))...))))))))).))))))))))))))))).))))))).. (-33.8)