mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAGAAGATAGAGAGCAC GCTCTCTATGCTTCTGTCATC GAGGTGTTGGTTGAAGAGGAGGCACTGGTGATTGTTGTTGACAGAAGATAGAGAGCACAGATGATGGTGTTGCCTATGTGCATGCATCCCACTCCTTTGTGCTCTCTATGCTTCTGTCATCATCACCTTTCATAGCCCCTCTTTTAAACCCTAAAC CCTACTTCCTATATGTTTTCTCACTCTCTCACTTCATTCTTTAGGGAACATTTTCCTATTAAAGTAACATTTATGGTCTTTTTTATAATGATTCTTTTGATGAGAAAACATTAGTTCAAGGAGCATATATATAATTATAATATTATATAGTATATATGGGAGGTGTTGGTTGAAGAGGAGGCACTGGTGATTGTTGTTGACAGAAGATAGAGAGCACAGATGATGGTGTTGCCTATGTGCATGCATCCCACTCCTTTGTGCTCTCTATGCTTCTGTCATCATCACCTTTCATAGCCCCTCTTTTAAACCCTAAACCCGTTGAATTACATTTCTTCTGTGTATGTATGGGTTTTGTTGTTTGTGGTTTACTTTTTTTTTTTTTGCAATTTACAGATTTATTACAGGACTAAGAGATTGATGATGGTCTTCGTCATGTAATTTGATCTTCAACATATGTAAGTTCATGTTAGGTTCCAACATCAACATCGATTGGTATAATTTTGTTTATCTTGTCTTTTTTGACTTCCGTATACAGGTAGCTTACGCACAAATTTGAGGATAAGTCTTGGTGATGTTTTTGTCAAAATAATTCGGATGCTATGCTTTTATATGCTTGTTAGATATTACCATTAAAGTGATTCCCCTTATCCAAGGGTACCACTTGCTTGTGGAAAATTCTATGTTTTTATCCATGGTATAATAGAGCATAACATGTATAAATATAGCCGACATATTCATTTTTCGGCTCCGTAGAAGAAGACTTTTATTGATCCATGTTCAGTACTACCACCGCTCCCTTGAAAGTTCAAGCTTGGAAATGGAATTGCAATTACTGCATTAACGCTAATTAATTTTTTTTAGTATTTTTCATGTCCATCTTATGAAATATGA 0 1 5' arm Gossypium_raimondii mirnest 100 gra-MIR157b 2e-46 -61.7 .(((.(((....(((((((.(((...((((((.(....(((((((((((((((((((((((.((.(((((.((......))..)))))....)).)))))))))))))).))))))))).))))))).......))))))))))..)))))).... (-61.7)