mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAAACCACAATTACTTTTGC AAAAATAACTGCGGTTTTTGC TTGCATTTTAGTTTGGTGCAAAAATAACTGCGGTTTTTGCCGCAAAATACATTTAATGGCAAAAACCACAATTACTTTTGCACCAATCTAATAGATT CGGACGCGTGGGTAGTTATGGACACCAGTAAAAGTAAAATTAAAACATTATGCAAACTAATAAGGCAACTATCAACAATCTAGGGATATCTTTGTCTGACCATCCCATTGAACCAGGATCAGTGGTTTCTACATTCCATCTCTTCATGAAGCTTTCCCTAAACTTGCCTGCCCTTACCAACCTGATTGTTTCCAATACTTAACACACAAAGTCAGCCTTGCTTGGGGCCCTACATTATAACCTTTAATATTATTTTTAACCTGCTTGGCTTTTCTGTCAGTTTTTACTATTTTATACCAGAATAAACCAACAGGCAGTAATGCCATGATTTGACTTTTATTGCATTTTAGTTTGGTGCAAAAATAACTGCGGTTTTTGCCGCAAAATACATTTAATGGCAAAAACCACAATTACTTTTGCACCAATCTAATAGATTTTTGCCAATATATATGGCAAAAAATGATACCTTTGTCTTATGAGTGAAGCTGAATCTTCTTTTCGTGTTTAAGAGGCATTTAATTCCTTCTCTGTGATATCTTTTTGCATGTCTTTTGCCATTTGGCTACTGGATTGATCTCCTTTTTTTCCC 3 0 3' arm Homo_sapiens mirnest mir-548 0.000000000000006 hsa-mir-548o-2 0.00000000000008 -35.7 .......((((.(((((((((((.(((.((.(((((((((((.(((.....)))..))))))))))).)).))).))))))))))).))))...... (-35.7)