mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAACTGGGTTTGTTGGCTGC AGCCAACAACATCAGTTCTAA TGATGCAGTTCAGTATTCCAGTATCTTGATTTGAACTGGGTTTGTTGGCTGCTGATCTGCTTTTTTGAAGCAGATATCAAATCTAGTTAATAAAAACACTTTTCAGGAGCCAACAACATCAGTTCTAACCAGGACTGGGCTGAGATTTACAAGCTC CTGACCGCCAAGCGAGCATCTCACCGCGACTCCGTTCAAATAAGGTAAATTTCGAAACCCTTAAAGTATCAGCCTCTCTATTTGATTTTTCTGCTTTGGATTCTACTGTGAGATCTTTAGCTATTGTGAAATAGCGGCTGTGAAACCACCATGCCAACTGTATTTGATATCTAACTTTCCTGCCTTCCGTAATTTGTTTTAAGTCGTCTCTTTTATTATTATTTTTTATCATAAAATGTGAGAATTTTATTGGGAAGGATGAACTAATTATTCTCAGTAACTTTTAGGATATAGGGGAAGGAAGTAGATTGTAGATGTTAAGAGAAGCAATGAACAAACCACTGTCTTTTACAAATTGTTTTAATATATTTTTGCAGAGTTTATATGGGGGAAGATGTAGATAATTGATAGTATAAGAAGCGAAGAACCAAGATCCACAATCTCTTTTATAACCTGTTTTAATTTGTTTCCATGTGTATATATATATATATATATTACAGAGTTTATATAGGGGAAGGATGTAGATGGTGGATGGTGGTTGACTCGATGAATCACCCCCAAGACCTGCAATTCATGATGCAGTTCAGTATTCCAGTATCTTGATTTGAACTGGGTTTGTTGGCTGCTGATCTGCTTTTTTGAAGCAGATATCAAATCTAGTTAATAAAAACACTTTTCAGGAGCCAACAACATCAGTTCTAACCAGGACTGGGCTGAGATTTACAAGCTCCTTCCTGACTCTGTTCAACTGATATATATATATATTTAAGGAGGTAGTATGTGTTAATAATAATTCAGGTGAGGATCTTTTTCTGGTTAGTCTTATTCAGGGATGTATGATGATGGCATTAGATAACAATTATCTAACTTTTATCTCTTCTATAATTTGTTGAATTAAGGTTTATTATGCAGAGGACATGGGAGAAAATACCGGTTCTAGTGTCTTGCTTTGACCTAGATTTGTTGACTTGTTAACAAAACCGAATTCATAAAAATGCATTTCAAGTCAATGAATTCAGTCAACACAAGACAAGATCGTGCTGAGATTTACAGGTCCCTACTCAAATATTTTAGGAGATATTTACCTGTTACTTATAATTCAGAATATTTAGGAAATATTCCCCTGTCACTTATAATTGGTGGAGTATCTTCTTTTTCTTTG 4 0 5' arm Gossypium_raimondii mirnest 100 ghr-MIR3476 6e-56 -46.6 ........((((((...((((..(((((.((.(((((((..(((((((((.((((((((((((...))))))))............................)))).)))))))))..))))))).)).)))))))))))))))............ (-46.6)