mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAACTGTAATTACTTTTGCA CAAAAGTAATTGCTGTTTTTA AGAAGAAAGGTATTGGGTTGGTGCAAAAGTAATTGCTGTTTTTACCATTAAAAGTAATGGCAAAACTGTAATTACTTTTGCATCAACCTAATATCTTGATAA ATTGGGCGGGGGGGTGGTATGTGTATATGTTGGGGAGGGAGCAGCTTTGGGGTGTTTCCTCAAATTCTCTAATTGGGGGACCCCTGCAAAAGAGTGTCACTAAGAAGAAAGGTATTGGGTTGGTGCAAAAGTAATTGCTGTTTTTACCATTAAAAGTAATGGCAAAACTGTAATTACTTTTGCATCAACCTAATATCTTGATAATCTGGGATGGAATAAGAGTAGGTGGCAGCTGCAGCATGGGCACTCCCAAAGGCTCCAAGAGGTACCCAGAGCAGGGAGGTGCATTGCAGCAGAGCAGTTGGAACAGCCTGGACTCTGACCCGAGAGGAGTGTGGAACGAACCCTGGAACTCCAGCAGTTCTGGAGGCTACAAGATGGAATCAAGGTGTCAGCAAGGTTGCCCTTCCTCCGAAGACTCTACAGAAGAATCTTCTAGCTTCTGCTGGCAGCTGGTGACCCCTGGCAATCCTTGGATTGTGACAGGATCACTTTAATCTCACGCCTTGCCTTCACTTGGATTTTTTCCCTGTTTGTTTAAGAGTTTGAATGTGAATGTTCCT 1 0 3' arm Homo_sapiens mirnest mir-548 7e-21 hsa-mir-548aj-2 2e-23 -47.4 ......((((((((((((((((((((((((((((((.(((((..((((((....)))))).))))).))))))))))))))))))))))))))))))..... (-47.4)